SDL_GetModState の逆の SDL_SetModState は あなたのアプリケーション上でモディファイアキーの状態を強制的に設定する ことができます。
あなたの望むモディファイアの状態を単に modstate に 渡して下さい。 この値は、次のフラグの論理 OR による組み合わせです。
typedef enum {
KMOD_NONE = 0x0000,
KMOD_LSHIFT= 0x0001,
KMOD_RSHIFT= 0x0002,
KMOD_LCTRL = 0x0040,
KMOD_RCTRL = 0x0080,
KMOD_LALT = 0x0100,
KMOD_RALT = 0x0200,
KMOD_LMETA = 0x0400,
KMOD_RMETA = 0x0800,
KMOD_NUM = 0x1000,
KMOD_CAPS = 0x2000,
KMOD_MODE = 0x4000,
} SDLMod;